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Nextflow 应用管理

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最后更新时间: 2024-10-22 16:05:05

创建应用

1. 进入任意工作项目,点击页面右上角新增,显示新增应用弹窗,选择应用类型 NEXTFLOW


2. 支持通过引用 Git 地址的方式新建 Nextflow 应用,填写必要的应用信息,如应用名称、待引用 Git 地址等(私有仓库还需要填写 Git 用户名和密码或 Token),待验证通过后,点击下一步


3. 选择 Tag 或 Branch 并确认后即可创建 Nextflow 应用。



运行应用

1. 平台支持运行 Nextflow 应用,点击应用卡片上的运行,进入运行流程。


2. 进入运行设置页,设置运行任务参数,填写任务名称、描述、config、profile 等必要信息。从项目已绑定的环境列表中选择该任务的运行环境,并设置该任务的缓存保留期限,运行结果提醒渠道,是否需要输出报告等选项。
说明:
1. 选择开启 report 选项,任务执行完毕后,可在运行批次详情页指标中查看报告内容。
2. 运行任务时将使用默认缓存卷作为缓存,其挂载路径暂不支持修改。启动路径支持自定义,命令 nextflow run 将在此路径执行。



3. 运行参数设置模块,支持多种方式设置运行参数:
方式一:直接页面填写 JSON 文本
方式二:通过 COS 地址导入 JSON 文件


4. 完成运行任务设置及参数设置后,点击页面右上角开始运行即可启动任务。

查看任务

1. 任务投递后,可在工作项目详情页查看任务批次列表,跟踪各个任务批次执行状态及进度。


2. 点击操作栏详情,可进入运行批次详情页,查看该任务批次更多详细任务设置信息,如 profile、 config 等。


除此以外,平台提供运行命令行、错误日志、Nextflow 日志和输入输出等参考信息,帮助开发者定位和调试问题。


3. 在运行设置阶段,如选择开启 report 选项,任务执行完毕后,在运行批次详情页点击指标,可查看 Nextflow 官方报告内容,如 report、timeline、trace 等参考文件。



复制应用

平台支持在项目内或跨项目快速复制应用副本。如需复制应用,可点击应用卡片扩展选项,选择“复制副本”;



在“复制副本”弹窗内填写应用名称、描述,选择应用版本、目标项目和参数模版(可选),确认后完成复制。可在目标工作项目中查看、编辑或运行应用。




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